Οι διαφορές ανάμεσα στα υποείδη ενός είδους είναι κυρίως στην μορφολογία. Για παράδειγμα ένας πληθυσμός ενός είδους μπορεί να έχει διαφορές στην φολίδωση από έναν άλλο πληθυσμό του είδους μιάς άλλης περιοχής, ή να έχει διαφορές σωματικών αναλογιών, κτλ. Ακόμα και ο χρωματισμός μερικές φορές μπορεί να καθορίσει ένα διαφορετικό υποείδος, κυρίως όμως η ανάγκη του διαχωρισμού βασίζεται στην μορφολογία.
Επίσης αν υπάρχει σημαντική γενετική διαφορά σε κάποιον πληθυσμό ενός είδους τότε γίνεται διαχωρισμός υποείδους, ακόμα και είδους, ανάλογα.